アデスを撃破するか8ターン目になるとクリア。
クルーゼ「さすがにやる･･･。 以前よりも手強くなっているな」（だが、それでこそだ。 期待させてもらうぞ、αナンバーズ）「クルーゼ機、ヴェサリウスに後退する」
ムウ「ラウ・ル・クルーゼ･･･仕留めきれなかったか･･･」
アスラン「く･･･」
キラ「アスラン･･･！」
アスラン「･･･イージス、後退する」
キラ「僕達は･･･戦わなくちゃ･･･ならないのか･･･」
イザーク「くそっ･･･！ 余計な邪魔が入ったか･･･！」「決着は預けるぞ、ストライク！」
ディアッカ「ちっ･･･連中を甘く見すぎたか･･･！」「バスター、後退する。 後は任せるぜ」
ニコル「PS装甲でもこれ以上は防ぎきれない･･･！」「ミラージュコロイド生成！ ブリッツ、後退します！」
アスランとキラが戦闘した場合、戦闘後にアスランは撤退する。
アスラン「！」
キラ「！！」
アスラン「キラ･･･キラ・ヤマト！ やはり、キラ･･･キラなのか！？」
キラ「アスラン･･･アスラン・ザラ！ 何故･･･何故君が！？」
アスラン「お前こそ、どうしてそんなものに乗っている！？」
アスラン「キラ･･･！」
キラ「アスラン、やっぱり君なのか･･･！？」
アスラン「･･･機体にトラブル発生･･･！ イージス、後退する！」
（アスラン撤退）
キラ「アスラン･･･！」
アスラン「状況はこちらが不利か･･･！ 後退する！」
（アスラン撤退）
キラとアスランが戦闘した後、イザークがMAP上にいる場合はストライクガンダムの換装イベントが発生
アスラン「やめろ、キラ！ 俺達は敵じゃない！」
キラ「アスラン･･･！！」
アスラン「何故、俺達が戦わなくちゃならない！？」「同じコーディネイターのお前が何故俺達と戦わなくちゃならないんだ！？」
キラ「アスラン！」
アスラン「お前が何故連邦軍にいる！？ 何故ナチュラルの味方をするんだ！？」
キラ「僕は連邦軍じゃない･･･。でも、あの艦には仲間が･･･。友達が乗っているんだ･･･！」
アスラン「！」
キラ「君こそ･･･君こそ何でザフトになんか！ 何で戦争したりするんだ！？」「君は戦争なんか嫌だって言ってたじゃないか！ なのに、どうしてヘリオポリスを！？」
アスラン「状況のわからぬナチュラル共がそんな物を造るから･･･！」
キラ「ヘリオポリスは中立だ！ 僕だって･･･！ なのに！」
アスラン「キラ、僕と一緒に来い！」
キラ「ふざけるな！ 僕はザフトへなんか行かない！」
アスラン「お前はコーディネイターだ！ 僕達の仲間なんだ！」
キラ「違う！ 僕はザフトなんかじゃ･･･」
アスラン「いい加減にしろ、キラ！」「このまま来るんだ！ でないと僕は･･･お前を撃たなきゃならなくなるんだ！」
キラ「アスラン･･･！」
アスラン「血のバレンタインで母も死んだ･･･。僕は･･･！」
イザーク「何をもたもたやっている、アスラン！？」
アスラン「！」
（デュエルガンダムが移動）
アスラン「イザーク！」
（デュエルガンダムがストライクを攻撃）
キラ「うわっ！」
（ストライクガンダム移動）
アスラン「くっ･･･キラ･･･！」
ニコル「アスラン･･･」
キラ「パワーゲインが下がっていく！ このままじゃ！」
ムウ「坊主、何やってんだ！ 敵との交戦の後は離脱が基本だぞ！」
キラ「は、はい！」
ムウ「仕切りなおしだ！ 距離を取るか、突っ込むか決めろ！」
キラ「砲撃戦か、格闘戦･･･！？」
サイ「フラガ大尉から通信です！ ランチャーストライカーパック、カタパルト射出の準備をしろと！」
ナタル「まさか、戦闘中に換装させるつもりか！？」
マリュー「･･･やるしかないようね」
キラ「フラガ大尉！」
ムウ「迷っている場合じゃねえ！ しっかり受け取れよ、坊主！」
ナタル「レーザーデジネーター、オンライン！ ストライクとの相対速度合わせ！」「カタパルトの射出モーメント制御を、ランチャーストライカーのコンピュータに渡せ！」
サイ「ストライク、軸線に乗りました！」
ナタル「カタパルト射出！」
（ランチャーストライクに換装）
キラ「出来た･･･！」
ムウ「そいつの火力ならやれるはずだ！ ぶっ放せ、坊主！」
キラ「はい！」
サイ「フラガ大尉から通信です！ ソードストライカーパック、カタパルト射出の準備をしろと！」
ナタル「まさか、戦闘中に換装させるつもりか！？」
マリュー「･･･やるしかないようね」
キラ「フラガ大尉！」
ムウ「迷っている場合じゃねえ！ しっかり受け取れよ、坊主！」
ナタル「レーザーデジネーター、オンライン！ ストライクとの相対速度合わせ！」「カタパルトの射出モーメント制御を、ソードストライカーのコンピュータに渡せ！」
サイ「ストライク、軸線に乗りました！」
ナタル「カタパルト射出！」
（ソードストライクに換装）
キラ「出来た･･･！」
ムウ「そいつなら戦艦もやれるはずだ！ ぶった斬れ、坊主！」
キラ「はい！」
クルーゼ「やむを得ん･･･撤退だな」
ムウ「逃がすか、ラウ・ル・クルーゼ！」
クルーゼ「フッ･･･また会おう、ムウ・ラ・フラガ」
アスラン「状況はこちらが不利か･･･！ 後退する！」
アスラン「くうっ･･･！」
キラ「アスラン！」
アスラン「･･･イージス、後退する」
（アスラン撤退）
キラ「アスラン･･･。僕達は･･･戦わなくちゃならないのか･･･？」
イザーク「くそっ･･･！ 余計な邪魔が入ったか！！」
ディアッカ「ちっ･･･連中を甘く見すぎたか！」「バスター、後退する。後は任せるぜ！」
ニコル「PS装甲でもこれ以上は防ぎきれない･･･！」「ミラージュコロイド展開！ ブリッツ、後退します！」
アデスを撃破するか6ターン目になるとイベントが発生しザフト軍は撤退する。
キラ「アスラン！」
アスラン「忘れるな、キラ！」「この地に眠る人々の無念･･･そして、母上の仇を討つためにも俺は戦う！」
イザーク「くそぉぉっ！ 何故、奴らに勝てない！？」「この屈辱、忘れないぞ！！」
ディアッカ「チッ、つまらんミスにつけこまれたか！ バスター、後退する！」
ニコル「ミラージュコロイド生成･･･！ 後退します！」
クルーゼ（･･･この力、上手く活かせばこの戦争のジョーカーになる）
五飛「･･･忘れるな、ヒイロ！ いずれ連邦はかつてのティターンズやネオ・ジオンと同じ過ちを犯す！」「だから、誰かがそれを止めねばならんのだ！」
（五飛撤退）
ヒイロ「五飛･･･」「同じことがザフトにも言える。だから･･･俺はここにいる」
トロワ「･･･悲しい戦いだ」
カトル「トロワ･･･」
トロワ「だが、俺は連邦を止める他の方法を知らない･･･」
（トロワ撤退）
カトル「トロワ･･･僕だって本当は君達と戦いたくないんだ･･･」
ガモフを撃破するとザフト軍は撤退する。
イザーク「この屈辱･･･忘れないぞ！」
ディアッカ「ちっ･･･！ つまらんミスにつけこまれたか！ バスター、後退する！」
五飛「く･･･！ 俺の正義は終わらないぞ･･･！」
トロワ「脱出する･･･」
7ターン目を迎えるまでにイザークを撃墜した場合、イザークを撃墜しなかった場合で展開が異なる。イザークを仲間にするには撃墜が必須。
イザーク「まだまだぁぁっ！」
（イザークに根性と熱血の精神コマンドがかかる）
五飛「あいつ、まだやる気か！？」
ムウ「まずいぞ、奴の狙いは！」
マリュー「こちらに突っ込んでくる！？」
ナタル「迎撃を！ 敵機を近づけるな！！」
イザーク「遅いんだよ、ナチュラルがっ！」
（イザークがアークエンジェルを攻撃）
マリュー「くううっ！！」
ナタル「迎撃急げ！ 次が来るぞ！！」
フレイ「あ･･･ああ･･･っ！！」
キラ「フレイッ！！」
（キラ SEED発動）
キラ「アークエンジェルは･･･沈めさせやしない！」
イザーク「ストライク！？」
キラ「やめろぉぉぉぉぉぉっ！！」
イザーク「くそおっ！！」
（キラとイザークが戦闘 イザークを撃破）
イザーク「うぐっ！ ううう！！」
キラ「･････････」
アムロ「キラ･･･！？」
ジュドー「あ、あいつ、何て動きを･･･！」
キラ「･････････」
イザーク「痛い･･･痛い･･･痛いぃ！」
（イザーク撤退）
カミーユ「キラ･･･？」
キラ「アークエンジェルは･･･僕が守るんだ･･･！」
（敵増援登場。ナタルが避難民のシャトルを発進させる）
ナタル「あのシャトルからは民間の救難信号を出させています！ ザフトは手出し出来ません！」「手を出せば南極条約に抵触します！！」
ミサト「そんな理屈が通用する相手じゃないわ！」
（ イザークがシャトルに接近）
ムウ「坊主っ！！」
キラ「やめろぉぉ！ それには！！」
エル「･････････」
キラ「やめろぉぉぉぉぉぉぉっ！！」
イザーク「逃げ出した腰抜け兵がぁぁぁぁぁぁっ！！」
（イザーク シャトルを撃墜）
ナタル「！！」
マリュー「！！」
ミサト「な、何てこと･･･！！」
キラ「ううう･･･うああ･･･ああ･･･！！」
（キラ SEED発動）
キラ「･････････！」
イザーク「ストライク！？ 何だ、あのスピードは！？」
キラ「うおおおおおおおおお！！」
イザーク「チィッ！！」
（キラとイザークが戦闘 イザークを撃破）
イザーク「うぐっ！ ううう！！」
キラ「･････････」
アムロ「キラ･･･！？」
ジュドー「あ、あいつ、何て動きを･･･！」
キラ「･････････」
イザーク「痛い･･･痛い･･･痛いぃ！」
（イザーク撤退）
キラ「う、ううう･･･あ、あああ･･･！」「うわああああああああああっ！！」
（ストライク 大気圏内へ落下）
補足：イザークを既に撃破していた場合でも、シャトルは敵増援の一般兵に撃墜されてしまう。その場合はSEED発動の場面は無い。セリフはイザーク関連、SEED発動関連のセリフが抜ける以外は同じ。
アスラン「イージス、撤退する･･･！」
キラ「アスラン･･･！」
ジュドー「あの赤いガンダム、キラの友達が乗っているんだよな･･･」
カミーユ「だが、俺達にはどうすることも出来ない･･･」
キラ（アスラン･･･）
ディアッカ「グレイト！ さすがは噂のαナンバーズだよ！」「バスター、後退する！」
ニコル「これ以上の戦闘は機体を失うことになる･･･！」「ブリッツ、後退します！」
アデス「ヴェサリウス、機関部損傷！ これ以上の戦闘は致命傷となります！」
クルーゼ「仕方がない。ここは撤退するしかあるまい･･･」「遺憾ではあるが後詰めの隊に任せよう」
アデス「了解です」
ムウ（あの艦の指揮官はラウ・ル・クルーゼのはず･･･）（奴にしては随分とあっさり退いたな･･･）
7ターン目にクリアになるが、それまでにバルドフェルドを撃墜してるか否かでクリア時のセリフが少し異なる。
バルトフェルド「さすがだ･･･。 だが、レセップスはまだ沈んではいない･･･！」
モンシア「しぶとい野郎だぜ！」
バニング「うかつに近づくな！ 奴はまだ戦力を残してるぞ！」
タゴスタ「ジブラルタル基地から入電･･･。 これは･･･！？」
バルトフェルド「さすがだな･･･。 こうなれば、あれを出すか･･･」
タゴスタ「隊長、自ら出撃するつもりですか？」
バルトフェルド「向こうは優秀なパイロットが多いようだしな、仕方あるまい」
タゴスタ「 ジブラルタル基地から入電･･･。 これは･･･！？」
イザーク「くっ！ αナンバーズめ！！」
バルトフェルド「君は後退しろ。 その状態じゃ、これ以上は無理だ」
イザーク「しかし！」
バルトフェルド「君はあくまで助っ人だ。 こんなところで無理をするな」
イザーク「りょ、了解･･･！」
バルトフェルド「あの少年のような真似は誰にでも出来るというものでもないってことだ･･･」
ディアッカ「ちっ！ 砂漠ってのは、どうにもやりづらいぜ！」「バスター、後退する！ 後は任せるぞ！」
バルトフェルド「いい退き際だ。 彼は長生き出来そうだね」
ニコル「くっ･･･！ これ以上は！」
アスラン「ニコル、後退しろ！」
ニコル「で、でも、アスランが！」
アスラン「俺なら大丈夫だ。 お前のピアノを聴くまではな！」
ニコル「･･････！」
（ニコルは撤退。アスラン撃墜時のイベントに再登場）
ニコル死亡イベント時までにディアッカ、イザークを撃墜していない場合、セリフが追加され、ド根性、熱血、鉄壁、気迫、必中、不屈がかかる。
ディアッカ「ニ、ニコル･･･！！」
イザーク「馬鹿な･･･！！」「くそぉぉぉぉぉっ！ ストライクゥゥゥゥッ！！」
ディアッカ「ニ、ニコル･･･！！」「馬鹿野朗ぉぉぉぉぉ！！」
イザーク「くそぉぉぉぉぉっ！ ストライクゥゥゥゥッ！！」
ディアッカ「チッ、ドジったか！」
アスラン「離脱しろ、ディアッカ！ 援護する！」
ディアッカ「ありがたい言葉だが、バスターの奴が言うことを聞いてくれなくてな！」
アスラン「ディアッカ、脱出しろ！ 機体を捨てるんだ！」
ディアッカ「駄目だ、コントロールが！」
ディアッカ「くそっ！ 俺がこんなんじゃ、誰が仇を討ってやるんだよ！！」 「バスター！ 俺の言うことを聞けよ！！」
ディアッカ「くそぉぉぉっ！！」
イザーク「ええい、またか！！」
アスラン「後退しろ、イザーク！ 後は俺達に任せるんだ！」
イザーク「くそぉぉっ！！」
イザーク「くそっ！ くそ、くそ、くそ、くそ、くそ！ くそぉぉぉっ！！」「俺は仲間の仇を討つことも出来ないのかぁぁぁっ！！」
イザークが撤退地点に到達するか、撃墜されるかでセリフが異なる。イザークを仲間にするにはイザークを撃墜してはいけない。
イザーク「ナチュラルめ･･･！」「モビルドールを使うとはどうやら本気で俺達を根絶やしにする気らしいな･･･！」「ならばどちらかが滅びるまで戦うまでだ･･･！」
イザーク「くそっ！ やはり、連中は混乱に乗じてこちらを潰す腹か･･･！」
イザーク「αナンバーズ･･･！ 一瞬でも貴様達の言葉を信じた俺が馬鹿だった･･･！」「次に会った時はこの手で貴様らを叩き潰してやる！」
イザーク「くそっ！ こんなところで死んでたまるか！」
イザーク「ナチュラルめ･･･！」「モビルドールを使うとはどうやら本気で俺達を根絶やしにする気らしいな･･･！」「ならばどちらかが滅びるまで戦うまでだ･･･！」
オルガ「くそっ！ この馬鹿モビルスーツ、もうパワーがヤバい！」
クロト「お前はドカドカ撃ちすぎなんだ、バーカ」
オルガ「何だと！？」
クロト「帰るなら一人で帰ってよね。僕は知らないよ」
オルガ「ちっ！ 後退する！」
オルガ「くそっ！ この馬鹿モビルスーツ、もうパワーがヤバい！」「後退するしかないか！」
クロト「くそっ！ あいつら･･･あいつらーっ！！」
オルガ「馬鹿が･･･。調子に乗って遊んでいるからだ」
クロト「オルガ！ てめえも後で覚えてやがれ！！」
クロト「くそっ！ あいつら･･･あいつらーっ！！」「次に会った時は確実に叩き潰してやる！！」
シャニ「はあ･･･はあ･･･はあーっ！！」「うざい奴･･･！ お前達･･･次は絶対に消してやる･･･！」
アズラエル「あいつら、あれだけ強化してやっても成果が出せないとは･･･」「やれやれ、まだまだですねえ」
アムロの撃墜数が60以上の場合、シナリオデモでヘビーウェポンシステムが追加。
チェーン「･････････」
ニナ「チェーン･･･」
チェーン「アムロ大尉達が行ってしまう･･･。なのに、私達はそれを見送ることしか出来ない･･･」
ニナ「そんなことはないわ、チェーン。あなたのくみ上げたνガンダム用のヘビーウェポンシステム･･･」「きっと大尉の力になるわ」
チェーン「でも･･･」
エリカ「今は時を待ちましょう。彼らが帰ってくる日･･･そして、真の戦いが始まる日を･･･」
クリア後のエンドデモで、各パイロットの撃墜数によって機体が手に入る。
キース「こ、これって･･･」
コウ「ガーベラ・テトラ･･･。シーマ・ガラハウの愛機じゃないか･･･」
ニナ「どういう経路かは不明だけどこのイカロス基地にフレームが運びこまれていたの」「元々、この機体はアナハイムで設計されていたものだから、私の方で組みなおすことが出来たの」
ベイト「ジオン系の外見はともかく戦力にはなりそうだな」
モンシア「んじゃ、俺が乗ってみるとするか！」
キース「中尉には、こういう女性的なラインの機体は似合わないと思いますけどね」
モンシア「相変わらず、一言多いんだよ！ お前はよ！！」
キース「これは･･･」
コウ「ヴァル・ヴァロ･･･。デラーズ・フリートが使用していたモビルアーマーじゃないか･･･」
ニナ「どういう経路かは不明だけどこのイカロス基地にこの機体が運びこまれていたの」
ベイト「モビルアーマーか･･･。確かに戦力にはなりそうだな」
モンシア「んじゃ、俺が乗ってみるとするか！」
キース「気をつけて下さいね、中尉。敵と間違えて撃墜されないように」
モンシア「相変わらず、一言多いんだよ！ お前はよ！！」
ジュドー「へえ･･･ダブルゼータのフルアーマーパーツもあるんだ」
ニナ「大事に使ってね、ジュドー。このパーツを届けるためにアナハイムでも多くの人達が苦労したのだから」
ジュドー「わかっているさ、ニナさん。こいつがあればダブルゼータの攻撃力はさらにアップするんだ」「どんな敵が来たって戦い抜いてみせるさ！」
プル「え･･･このキュベレイって･･･」
プルツー「ハマーンが使っていたのと同じカラーリングだ･･･」
ニナ「キュベレイもこのイカロス基地に運びこまれていたのよ」「あなた達のものと混同しないようにホワイトにしたけれど、気になるようだったら別の色にするわ」
プルツー「いや･･･このままでいい･･･」
プル「うん･･･」
フォウ「大丈夫なの、プル、プルツー？」
プル「･･･ネオ・ジオンにいた時のことはあまり思い出したくないけど･･･」
プルツー「この白いキュベレイの凛とした強さは今でも私達の中に残っている･･･」
プル「だから、あたし達もハマーンに負けないように戦う！」
フォウ「わかったわ。あなた達がそう言うなら、この色のまま使いましょう」
カミーユ（ハマーンはこの子達の心に消えない傷をつけたけれど･･･）（残していったものはそれだけではなかったのかも知れない･･･）（今はそれがプル達の中で強さに変わることを願おう･･･）
プル「え･･･これって･･･」
プルツー「クィン・マンサか･･･」
ニナ「この機体もイカロス基地に運びこまれていたのよ」
プル「･････････」
プルツー「･････････」
フォウ「プル、プルツー･･･」
プル「大丈夫だよ、フォウ･･･」
プルツー「確かにこの機体にはいい思い出はないけれど･･･」「今はそんなことを思い出しているような暇はないからな」
フォウ「わかったわ。あなた達がそう言うなら、この機体も使わせてもらいましょう」
カミーユ（ネオ・ジオンはこの子達の心に消えない傷をつけたけれど･･･）（今はそれがプル達の中で強さに変わることを願おう･･･）
プル「え･･･これって･･･」
プルツー「量産型キュベレイか･･･」
ニナ「この機体もイカロス基地に運びこまれていたのよ」「ちょうど二体あるからあなた達、二人で使うといいわ」
プル「ありがとう、ニナさん」
プルツー「悪くない機体だからな。戦力にはなるだろう」
ビーチャ「へえ･･･イカロス基地にはこんなモビルスーツもあるんだ」
モンド「これってネオ・ジオンの名機、ドーベン・ウルフじゃん！」
チェーン「これはαナンバーズのために用意した機体よ」
エル「え･･･？」
チェーン「あなた達が銀河に出発してから私達だって、ただ帰りを待っていたわけじゃないのよ」
ニナ「軍の編成から外れた機体や所属のあいまいな機体を戦力増強のためにこのイカロス基地に運んでおいたのよ」
ルー「ありがとうございます、チェーンさん、ニナさん」
ニナ「私達に出来ることはバックアップだけ･･･最後はあなた達に託すことになるわ」
チェーン「頑張ってね、みんな。補給や機体の補充は私達の方で何とかするから」
イーノ「はい･･･！」
ビーチャ「へえ･･･イカロス基地にはこんなモビルスーツもあるんだ」
モンド「これってネオ・ジオンのニュータイプ用のモビルスーツじゃん！」
チェーン「この機体はゲーマルク･･･αナンバーズのために調整しておいたわ」
エル「え･･･？」
チェーン「あなた達が銀河に出発してから私達だって、ただ帰りを待っていたわけじゃないのよ」
ニナ「軍の編成から外れた機体や所属のあいまいな機体を戦力増強のためにこのイカロス基地に運んでおいたのよ」
ルー「ありがとうございます、チェーンさん、ニナさん」
ニナ「私達に出来ることはバックアップだけ･･･最後はあなた達に託すことになるわ」
チェーン「頑張ってね、みんな。補給や機体の補充は私達の方で何とかするから」
イーノ「はい･･･！」
フレイがナタル（ドミニオン）に隣接するか、オルガ、クロト、シャニを全て撃破するとアデス以外のザフト軍は撤退する。
イザーク「ディアッカ･･･お前はだまされているんだ･･･！」
ディアッカ「イザーク･･･」
イザーク「次にお前が俺の前に現れた時はためらいなく討つ･･･！」
（イザーク撤退）
ディアッカ「･････････」
核ミサイルを全滅させた後、ドミニオン撃破、アスランの目的地移動を達成するとクリア。
ディアッカ「イザーク！」
イザーク「くそっ！ ･･･ディアッカ、アスラン！ 後はお前達に任せるぞ！」
（イザーク撤退）
ディアッカ「ったく！ 任せるなんて言うぐらいなら俺達と来ればいいのによ･･･！」
カミーユ「ヤザン！！」
ヤザン「楽しかったぜ･･･カミーユ･･･。地獄で待ってる･････････ぜ･･･」
カミーユ「ヤザン･･･お前の望む戦いに満ちた時代はもうすぐ終わる･･･」「いや･･･俺達が終わらせるんだ」
オルガ「があああああっ！！」
トロワ「･･･戦うためだけにその存在を許されていた者だ･･･。もう眠れ･･･」
クトロ「うふふ！ 僕は･･･僕はね･･･！」
カトル「･･･あの戦闘力･･･。やはり、何らかの強化を受けたゆえのものでしたか・・・」
フォウ「こうするしか彼を解放する方法はなかったの･･･」
シャニ「！」
デュオ「･･･お前には既に死神がついていたってことさ･･･。あばよ･･･」
クルーゼ「フ･･･後は仕上げを待つだけか･･･」
（クルーゼ撤退）
ジュドー「逃げたか！？」
アムロ「いや･･･あの男のことだ。この戦いの場から去ることはない」
キラ「ラウ・ル・クルーゼ･･･。全ての滅びを望む人･･･」
クルーゼ「どうやら、戦いは次のステージを進むか･･･」
（クルーゼ撤退）
核ミサイル撃破後にドミニオンを撃破した時、ムウがMAP上にいるかいないかで展開が変化。ムウがMAP上にいた場合、ムウは51話中は使用不能になる。51話クリア後に復帰。エンドデモの展開も変化無し。
アズラエル「ローエングリン、発射だ！」
サイ「艦長！！」
マリュー「回避！」
ノイマン「駄目です！ 間に合いません！」
マリュー「あ･･･ああ･･･！」
ナタル「そうはさせない！」
アズラエル「邪魔をするな！！」
ナタル「撃てーっ！ マリュー・ラミアス！」
マリュー「撃てーっ！！」
（戦闘シーンへ。ドミニオンがアークエンジェルを攻撃。）
ナタル「･････････」
アズラエル「僕は勝つんだ･･･そうさ･･･いつだって！」
（ドミニオンがローエングリンを発射。アークエンジェル回避。）
マリュー「機関最大！ 振り切れ！」
マリュー「艦首上げ20、ローエングリン、スタンバイ！」「ローエングリン、撃てーっ！」
（アークエンジェルがローエングリンで反撃。ドミニオン撃沈。）
ナタル「これでいい･･･マリュー・ラミアス･･･」
（戦闘シーン終了）
ナタル「･････････」
ノイマン「バジルール中尉･･･」
マリュー「ナタル･･･」
ミサト「ドミニオンから脱出したクルーの保護を！ 急いで！！」
キラ「は、はい！！」
アズラエル「ローエングリン、発射だ！」
サイ「艦長！！」
マリュー「回避！」
ノイマン「駄目です！ 間に合いません！」
マリュー「あ･･･ああ･･･！」
（戦闘シーンへ）
ナタル「･････････」
アズラエル「はははははは･･･ははははははははははは･･･！」
（ドミニオンがローエングリンを発射。ムウ機が援護防御。）
ムウ「へ･･･へへ･･･やっぱ俺って･･･不可能を可能に･･･」
（戦闘シーン終了）
マリュー「あ･･･ああ･･･！」「ああ･･･あああ･･･ム･･･ウ･･････」「ムウーッ！！」
キラ「ムウさん！？」
ディアッカ「･･････！」
アズラエル「あ･･･ああ！」
ナタル「あなたの負けです･･･」
アズラエル「お前ーっ！！」
ナタル「うあ･･･！」
サイ「ドミニオン、なおも接近！」
マリュー「ローエングリン、照準･･･！」
アズラエル「くそーっ！」
（銃声）
ナタル「ぐあっ･･･！」「うあ･･･撃てーっ！ マリュー・ラミアスーッ！！」
マリュー「撃てーっ！！」
（アークエンジェルがMAP兵器版ローエングリン発射）
アズラエル「うわああああああああ！！」
ナタル「･････････」
ノイマン「バジルール中尉･･･」
マリュー「ムウ･･･帰ってくるって･･･言ったのに･･････」
ミサト「ドミニオンから脱出したクルーの保護を！ 急いで！！」
キラ「は、はい！！」
前半でオルガ、クロト、シャニ、ヤザンを撃破していない場合、後半の敵1ターン目に敵増援として登場。ヤザン達を撃破した時のセリフは前半に撃破した場合と変化無し。前半で撃破した方がアイテムが手に入ってお得。
イザークを仲間にする条件を満たしている場合、味方2ターン目に味方増援のイザークが登場。
モンシア「性懲りもなく来やがったか！」
アムロ「･･･既に彼らは自我が崩壊し、ただ闘争本能のままで戦っているようなものだ･･･」
カミーユ「ヤザン･･･！」
ヤザン「決着をつけるぜ、カミーユ！ もう俺も後がなさそうなんでな！」
バニング「連中に構うな！ 俺達の任務はジェネシスの反応炉の破壊だ！」
洸「急がなくては地球にジェネシスが発射されてしまう･･･！」
竜馬「そうなっては全ての生物が死滅してしまう可能性もあるんだ！」
ディアッカ「イザーク！」
イザーク「この戦いが一人の男によって操られていた事は聞いた･･･」
クルーゼ「ならば、どうする？ イザーク」
イザーク「決まっている！ プラントの未来を一人の人間のエゴによって決められてたまるか！」
クルーゼ「残念だよ、イザーク。そして、アスラン、ディアッカ･･･」「亡くなったニコルと合わせて君達は優秀な部下だったのに」
ディアッカ「それはあんたにとって使い勝手のいい駒ってことだろうが」
アスラン「真実を知った今、俺達はお前を討つことをためらわない！」
イザーク「覚悟しろ、ラウ・ル・クルーゼ！」
クルーゼ「君達で勝てるかな、この私とプロヴィデンスに･･･」
クルーゼ「私を倒してもこの世界の滅びは止まらない！ そして･･･！」「もはや止める術はない！ 地は焼かれ、涙と悲鳴は新たなる争いの狼煙となる！」
キラ「そんな･･･」
クルーゼ「人が数多持つ予言の日だ！」
キラ「そんなこと！」
クルーゼ「それだけの業、重ねてきたのは誰だ！」「君とて、その一つだろうが！」
キラ「それでも！」「守りたい世界があるんだ！！」
クルーゼ「･････････」
（クルーゼ機爆発）
アスラン「やったか･･･」
カミーユ「すさまじい憎悪の塊だった･･･」
万丈「その生い立ちが彼をあそこまで歪ませたのか･･･」
忍「同情している場合じゃねえぜ！」
サンシロー「ああ！ あいつのしでかした事の後始末、俺達できっちりやらせてもらうぜ！」
第51話でイザークが仲間になった場合、開始前のシナリオデモでイベントが追加。
アスラン「･･･いいのか、イザーク？ プラントに戻らなくても」
イザーク「お前の方こそどうなんだ、アスラン？」
アスラン「･････････」
ディアッカ「新たに就任したアイリーン・カナーバ評議会議長から俺達に直々にメッセージが届いているぜ」「状況を確認の上、場合によっては俺達がザフトに与えた損害を無かったことにするってよ」
アスラン「･･･だが、俺は間接的とはいえ自分の父親を殺したことに変わりはない･･･」
カガリ「お前･･･まだ、そんなことを･･･！」
キラ「黙って、カガリ･･･」
カガリ「う･･･」
アスラン「だから、俺はその責任を取る意味でも最後までαナンバーズとして人類の未来のために戦いたいと思っている」「銀河の果てに行くことになるともな」
イザーク「･･･その人類とはナチュラルか？ それともコーディネイターか？」
アスラン「どちらもだ」
イザーク「･････････」
アスラン「･････････」
イザーク「なぜ、お前がそういう考えに至ったかは俺には理解出来ん」
ディアッカ「お、おい･･･イザーク･･･」
イザーク「お前もだ、ディアッカ。･･･だから、俺はそれを調査することにした」
ディアッカ「ってことは？」
イザーク「俺も当分の間はαナンバーズに手を貸すと言っているんだ。･･･プラントを救ってもらった恩もあるしな」
アスラン「イザーク･･･」
イザーク「アイリーン議長にはお前達の監視役をすると言ってある。余計な気は回すな」
キラ「ありがとうございます」
イザーク「お前がストライク･･･いや、フリーダムのパイロットか･･･」
キラ「その･･･傷のことは･･･」
イザーク「フン･･･この傷は以前の愚かな俺への戒めのようなものだ。全ての決着がついてから消すつもりだ」「言っておくがお前が俺の仲間に足る男でなかった場合、容赦はしないからな」
キラ「君が仲間になってくれたように全ての人が手を取り合うことが出来るのを望むよ･･･」
イザーク「それは人類が生き残れたらの話だ。･･･コーディネイターもナチュラルも含めてな」
アスラン「ああ･･･」
EVA初号機F型装備やHi-νガンダムの入手条件を満たしている場合、ステージ開始前のシナリオデモにそれらに関するイベントが追加される。
チェーン「いよいよですね、大尉」
アムロ「ああ･･･」
チェーン「ベルトーチカ達の報道でαナンバーズに対する誤解も解けたようです」「ナチュラルとコーディネイターの垣根を越えて、人類は一丸となってカルネアデス計画のバックアップに回っています」
アムロ「そうか･･･。それだけでも俺達のやってきたことは無駄ではなかったと思うよ」
チェーン「大尉･･･Hi-νガンダムの調整も終わっています･･･。でも･･････」
アムロ「どうした、チェーン･･･？」
チェーン「怖いんです･･･。･･･明日、大尉を送り出したら、もう会えないような気がして･･･」
アムロ「･････････」
チェーン「私も聞いています。これから大尉が向かう先に何が待ち受けているのか･･･」「ゼ・バルマリィ帝国の霊帝ルアフ･･･そして、アカシック・レコードとアポカリュプシス･･･」「どれも今までの敵とは違う･･･。人間の力が及ぶ相手ではないじゃないですか･･･！」
アムロ「だけど、俺達は行くよ。チェーンの想いも一緒にね」
チェーン「大尉･･･」
アムロ「Hi-νガンダムのサイコフレームがチェーンやみんなの想いを集めてくれる」「だから、俺達は戦っていける･･･」
チェーン「また･･･会えますよね･･･？」
アムロ「もちろんさ。地球には俺の大切な思い出がたくさんある」「でも･･･」
チェーン「その時は私が迎えに行きます。サイコフレームの光を頼りに･･･」
アムロ「ありがとう、チェーン･･･」