「ゼルダの伝説」シリーズの見下ろし型アクションRPG。
基本的な部分はこれまでと変わっていない。「ふしぎのぼうし」ではリンクが小さくなる、という要素があり、机の上や本棚の世界も登場。小さくなることによって利用してクリアする場所も多い。
これまでの「ゼルダの伝説」シリーズと基本的な部分は変わらず、しかし全体的にクォリティアップしているわけなんだけど、「ふしぎのぼうし」はその中でも「探索」がこれまで以上に楽しかった。フィールドをあっちこっちに駆け巡りながら、いろいろな場所を開発しながら、どんどんパワーアップしていくのが楽しかった。
ダンジョンでは数々の仕掛けをクリアし、最後にはボスをクリアするのだけど、仕掛けの難易度も適度だし、ボス戦の難易度も適度。仕掛けは何箇所かつまった場所がある程度で、大体の場所はちょっと考えれば分かる。ボス戦は倒すのにアイテムをどう使うか考えて攻略するのだけど、しかし倒し方さえ分かれば倒すのはそれほど難しくない。ファーストプレイではラスボス戦でGAMEOVERになってしまったけど、それ以外の場所では1回もGAMEOVERにはならなかった。
これまで同様、収集要素（やりこみ要素）もあり、ハートのかけらを収集する、剣技を増やす、といったことの他にも、「しあわせのカケラ」イベント、ニテンどうのフィギアの収集、などがある。
これまで同様、フィールドのMAP、ダンジョンのMAPを自由に見ることができ、行ったことのある場所は表示が変わったり、その他、重要な場所とかには印が付けられている。その他、剣技の出し方もいちおう確認することが可能。
「ゼルダの伝説」ではアイテムが増えるごとに（操作が増えるごとに）行くことのできる場所が増える。今まで行ったエリアから見えるところにあるんだけど、何か邪魔なものがあって行けなかった場所、「見えるのだけど入れない」状態で、もどかしかったのが、ゲームを進めるにつれ、アイテムが増えるにつれ、どんどん入ることができるようになっていくのが楽しい。「ふしぎのぼうし」でもそれは同様なんだけど、更に強化されている。
もちろん快適に探索できるよう配慮がされている。
「ゼルダの伝説」のタイトルだけど、しかし「ゼルダの伝説」シリーズの主人公はゼルダではなく緑色の帽子を被ったリンク。それでもゼルダ姫が何かしら重要な役回りになっていることが多かったのだけど、しかし「ふしぎのぼうし」でのゼルダ姫は完全に脇役扱い。序盤で石化させられて、ラスボスを倒した後にようやく石化を解くことができる。
逆に重要な役回りになっているのはサブタイトルにもなっている「ふしぎのぼうし」。普段はリンクの帽子になっているのだけど、名前はエゼロと言い、呪いによって謎の生き物に変えられた賢者。しかし賢者らしいところは欠片も無く、まるっきり愉快なオッサン。
これまで同様、リンク自身にはセリフは無いけど、しかしその代わりにエゼロが要所要所で喋る。次の目的地とか、ヒントとかも喋ることがあり、ゲーム性の上でも重要な役回り。セレクトボタンを押すことでもエゼロがいろいろ喋る。
「ふしぎのぼうし」の特徴として、リンクが小さくなる要素があるのだけど、小さくなった豆粒サイズになった場合に会えるキャラも多い。ピッコルという豆粒サイズの小人達はいろいろな場所に住んでいる。犬や猫のような動物はリンクが小さくなった状態に限り、話すことが可能（中には襲ってくる動物もいるけど）。