メトロイド（ファミコン）、メトロイド2（ゲームボーイ）、スーパーメトロイド（スーファミ）、メトロイドフュージョン（GBA）、メトロイドプライム（ゲームキューブ）に続くメトロイドシリーズ第6作目。
ファミコン版の初代メトロイドのリメイクになるけど、中身は全くの別物で完全新作と言って差し支えない。ファミコン版のラスボスだったマザーブレインを倒した後のステージも存在する。
| ○ | 「メトロイドフュージョン」では移動できる場所に制限がかかることがあったけど、「メトロイドゼロミッション」ではそのような制限は無く、「スーパーメトロイド」同様に行動の自由度が高い。 |
| ○ | マザーブレインを倒してからある程度の間、ゲーム性が今までから大幅に変わる。敵を倒しまくってダンジョンを探索していたのが、敵になるべく見つからないよう、敵から逃げつつ先に進む構成になる。 |
| ○ | ゲームクリア後、ファミコン版のメトロイドの海外版が遊べるようになる。 |
| ○ | 基本的なシステムは「スーパーメトロイド」「メトロイドフュージョン」と同じ。探索重視の構成で、探索するのにストレスがかからない工夫がされている。 ・MAP画面でMAPを確認することができ、行ったことのある場所はMAP上の色が変わる。 ・アイテムがある場所はMAPに「○」が表示され、アイテムを取得した後は「・」に変わる。 ・回復アイテムが頻繁に出る。 ・エンディング後にアイテム回収率が表示される。 |
| ○ | モーフボール、スピードブースター、スペースジャンプ、ミサイルなど、手に入る特殊能力は「スーパーメトロイド」「メトロイドフュージョン」とほぼ同じ。 |