ANUBIS ZONE OF THE ENDERSに海外版ステージの追加などがされ、値下げされて発売された廉価版。初回限定版には主題歌を含むサウンドトラック、海外版の英語音声のドラマパートなど合計41分のマキシシングルCDが同梱された。
「メタルギアソリッド・インテグラル」と言い、「メタルギアソリッド2サブスタンス」と言い、追加要素を収録したものを再発売するのが（最初に買った人の気持ちを逆なでするのが）コナミはホント好きですね。
通常版のANUBISと比べた場合、ステージの追加がされているらしいけど、ダイモスSt.でテイパー救出イベントの前にザコ戦が追加されたり、対ビックバイパー戦の前にザコ戦が追加されたり、要塞内部のステージが通常版では3階層だったのが6階層に増えたり・・・といったもので、正直「大幅な追加」というわけじゃなく、ザコ戦が増えた程度。その他、ラスボスのバランスが調整されたり、ポリゴンデモのちょっとした演出が増えたりしてるものの、「既にANUBISを遊んだ人にもオススメ」とは言い難い。値段が安くなったことから考えても、メタルギアシリーズのような海外版逆移植の発展版というより、新規ユーザー開拓の為の廉価版と言った方が良さそう。
メタルギアシリーズの場合、インテグラルやサブスタンスは音声が英語ONLYだったけど、「ANUBIS ZONE OF THE ENDERS
SPECIAL EDITION」の音声は逆に日本語のみ。声優さんの演技とかは全然悪くなかったので、ゲームとしては日本語の方が正解でしょう。まぁ、そうなると完全に通常版のANUBISの立場が完全に無くなるような気もするけど（メタルギアの場合、通常版は音声が日本語、インテグラルやサブスタンスは音声が英語、という区分けがあったので、通常版の方がインテグラルやサブスタンスより勝っているところもいちおうはあった）。
尚、通常版のANUBISのセーブデータは使用不可。